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    La révolution des plateformes de séquençage

    La révolution des plateformes de séquençage

    Les plateformes de séquençage de nouvelle génération (NGS pour next-generation sequencing) transforment le suivi épidémiologique des infections bactériennes, virales, parasitaires et fongiques : elles génèrent des données extrêmement fines sur les séquences des acides nucléiques (ADN, ARN), ce qui permet de caractériser très précisément les souches microbiennes. Cette technologie permet aux laboratoires de santé publique et aux laboratoires hospitaliers de microbiologie d’identifier la cause d’une infection pour suivre, prévenir et contenir la propagation de l’agent pathogène. Le NGS et le séquençage du génome entier (WGS pour whole-genome sequencing) sont devenus des outils précieux dans la lutte contre les maladies infectieuses.

    Le service BIOMÉRIEUX EPISEQ® * est un outil d’épidémiologie génomique qui repose sur le NGS, développé pour les épidémiologistes et microbiologistes hospitaliers afin de prendre en charge les infections liées aux soins (infections liées aux soins) et également à des fins de recherche épidémiologique.

    Ce service permet le typage et l’analyse comparative d'isolats de bactéries pour détecter les épidémies et assurer un suivi épidémiologique. Il est entièrement intégré, ce qui permet aux utilisateurs de réaliser une analyse épidémiologique de souches bactériennes en les comparant avec des souches précédemment analysées et avec des souches de référence.

    Développé en partenariat avec Illumina, le service BIOMÉRIEUX EPISEQ® utilise le séquençage des acides nucléiques comme une méthode à haute résolution reproductible pour le typage bactérien. Le séquençage est réalisé par des laboratoires habilités qui maîtrisent la technologie de séquençage de nouvelle génération MiSeq d’Illumina. Le logiciel BIOMÉRIEUX EPISEQ® permet ensuite au client d’analyser les données brutes issues du séquençage et d’obtenir un rapport personnalisé présentant les résultats sous une forme facilement compréhensible et interprétable par les professionnels de santé.

    Initialement développé pour le Staphylococcus aureus au moment de son lancement en 2015, le menu BIOMÉRIEUX EPISEQ® CS est en cours d'élargissement à d’autres espèces couramment impliquées dans les infections liées aux soins.

    Le séquençage de nouvelle génération est en passe de devenir un outil essentiel dans la lutte contre la résistance bactérienne. Il permet de :

    • suivre et contrôler avec précision les voies de transmission des agents pathogènes ;
    • établir le séquençage des pathogènes comme source de données unique pour l’identification microbienne et la résistance aux antimicrobiens ;
    • faciliter le diagnostic des infections dues à des micro-organismes non cultivables, contribuant ainsi à une utilisation ciblée des antimicrobiens et à une réduction de la prescription d’antibiotiques à large spectre ;
    • caractériser le « microbiome » humain afin d’étudier le rôle qu'il joue dans la santé et les pathologies humaines.

    En savoir plus sur BIOMÉRIEUX EPISEQ® - www.biomerieux-episeq.com

    * Non destiné à un usage diagnostique